Pourquoi je ne suis pas musulman propose un examen raisonné et sans concessions de la religion islamique et du modèle de société qu'elle a instauré. Fort de son expérience intérieure de l'islam, en même temps que d'une vaste culture universelle, Ibn Warraq s'y livre à une étude critique de la vie de Mahomet, des facteurs qui ont influencé la rédaction du Coran, de la montée de l'islam en tant que religion nouvelle, et de son expansion fulgurante par la conquête guerrière.
Il s'attache aussi à en éclairer la face cachée, traitant de l'affaire Rushdie, de l'oppression des femmes dans la société musulmane, de la propagation de tabous irrationnels par les fondamentalistes islamiques, de la nature totalitaire de la loi islamique, de l'inexistence des droits de l'homme dans de nombreux pays musulmans ainsi que de nombreux autres thèmes controversés - ou, justement, passés sous silence par des commentateurs occidentaux ignorants ou complaisants.
A la lumière de son étude, il s'avère que la tolérance islamique n'est qu'une stratégie entretenue à des fins tactiques et destinée uniquement au monde extérieur. Par ce travail sans précédent, mené avec une érudition exemplaire et un rare courage, Ibn Warraq s'impose dans le monde islamique comme un pionnier de la pensée rationnelle et critique, à l'instar d'un Voltaire ou d'un Bertrand Russell dans le monde chrétien.